Durch die Gründung von Marienberg am Anfang des 16. Jhd. entstanden neue Verkehrswege über den Erzgebirgskamm nach Böhmen. An der Stelle, wo der Weg die Schwarze Pockau überschritt, wurde ein Lehngut mit Ausspanne und Mühle errichtet, welches 1552 erstmalig als „Kynheide“ erwähnt wurde. Kien (Kyn) bedeutete soviel wie Kienspan, Kienfackel oder auch Fichte und Kiefer. Mit Heide bezeichnete man ebenes, unbebautes Land, worauf Gras, Waldblumen und einige Bäume wuchsen.
Die Kirche von Kühnhaide ist seit 1607 mit Reitzenhain selbständige Kirchgemeinde, zu der bis 1853 auch Rübenau als Filiale gehörte. Nach Abbruch der in Holz errichteten Vorgängerin wurde sie 1691 geweiht. Im Gegensatz zum benachbarten Rübenau wurde hier am herkömmlichen Langhaus und dem Dreiseitenabschluss der Ostseite festgehalten. Der Westturm, der sich mit seiner reizvollen Haube gut in das Landschaftsbild einfügt, wurde erst 1787 gebaut.
Im Jahre 1603 wurde der Oberaufseher der erzgebirgischen Flöße „Caspar von Berbisdorf“ mit dem Lehngut Kühnhaide erblich beliehen. Dieser ließ hier, begünstigt durch die großen Holzvorräte, ein Eisenwerk errichten. Dieses wurde als kompletter Weißblechhammer mit einem Hochofen, zwei Stabfeuern, einem Blechhammer und einem Zinnhaus betrieben. An der Schwarzen Pockau entstanden auch zahlreiche Mühlen, die bekannt für gutes und billiges Brot waren.
Nach der Stillegung des Eisenwerkes wurden die Posamenten- und Spitzenherstellung wichtigste Erwerbszweige. Aber auch die Gewinnung von Torf in den Hochmooren westlich von Kühnhaide erlangte Bedeutung. Der aus Hainichen stammende Friedrich Gottlob Keller erwarb in jener Zeit (um 1845) eine Mühle an der Schwarzen Pockau, um seine Erfindung der Papierherstellung aus Holzschliff technisch zu verwirklichen. Doch leider wurden diese Bemühungen durch ein katastrophales Hochwasser zu nichte gemacht.
In der Zeit von 1949 bis 1990 entstanden zahlreiche größere Betriebe. In verschiedenen Kombinaten (regierungseigene Konzerne) zusammengefasst, wurden sie zentral gelenkt. So beschäftigte der „VEB (VolksEigenerBetrieb) Sportgerätewerk Karl-Marx-Stadt - Betriebsteil Kühnhaide“ des Germina-Kombinates annähernd 100 Menschen mit der Fertigung von Federballschlägern und Minigolfspielen. Der „VEB Textil Grenzland“ fertigte Babygarnituren und Arbeitshemden und der „VEB Häkelchic Annaberg“ stellte Mützen her. Alle drei Betriebe vergaben im großen Maße Heimarbeit, sodass dies zu einer vorherrschenden Tätigkeit der Kühnhaidner Frauen wurde. Mit dem Zusammenbruch der DDR und der Wiedervereinigung konnte diese Planwirtschaft nicht aufrecht erhalten werden. Die wenigsten ehemals staatlichen Betriebe schafften den Sprung in die Marktwirtschaft. Wie die meisten Erzgebirgsdörfer ist Kühnhaide heute durch kleinere Firmen (Mittelstandsbetriebe) gekennzeichnet.
